Ботный дом возведен в 1762-1765 годах по проекту архитектора А.Ф.Виста «для содержания ботика государя императора Петра Перваго». В 1767 году в нем установили петровский ботик, перевезенный из Москвы в 1723 году. Здание венчала деревянная статуя Навигации, в 1826 году ее заменила алебастровая статуя Нептуна, а в 1827 году – статуя Наяды (обе созданы Н.А.Токаревым). В 1891 году Д.И.Иенсен выполнил для Ботного дома новую терракотовую фигуру «Навигации». В 1940 году ботик был передан на хранение в Центральный военно-морской музей, а в Ботном доме экспонируется его точная копия. Реставрационные работы начались в 2000 г. Проведен капитальный ремонт кровли, реставрация фасадов и фигурных стилобатов портиков Ботного дома, воссоздана статуя Навигации, венчающая кровлю. Реставрация: В 1996-1997 гг. выполнена реставрация фасадов дома. Восстановлены все архитектурные детали ХYIII века – карнизы, наличники проемов, базы и капители колонн и пилястр. Завершен капитальный ремонт кровли, окрашены фасады, по остаткам кирпичного основания восстановлен фигурный гранитный стилобат. На крыше установлена точная копия “Навигации”, изготовленная гальванопластическим способом.

В 1722 году в Петербург был доставлен ботик Петра I, названный им "дедушкой русского флота".
В детские годы Петр плавал на этом ботике по Яузе, а затем по Переяславскому озеру, учился править рулем и ходить под парусами. 11 августа 1723 года ботик участвовал в военно-морском параде, которым были отмечены блестящие успехи русского флота в Северной войне. На Кронштадтском рейде он прошел перед салютовавшими ему кораблями.
В 1761 году архитектор А. Ф. Вист разработал проект каменного павильона для хранения ботика. Павильон был выстроен на площади перед собором, к северо-западу от него. Небольшой по размерам павильон состоит из центрального зала и двух помещений по его сторонам. Высокая кровля с переломом искусно маскирует сомкнутый свод, перекрывающий центральный зал и поднимающийся выше карниза здания. Стены зала обработаны двенадцатью пилястрами ионического ордера. Прекрасно прорисованные капители украшены легкими и изящными гирляндами из цветов. Восточный и западный фасады павильона украшены портиками дорического ордера. Стены декорированы такими же пилястрами. Кровля увенчана небольшим постаментом и изящной по силуэту статуей - фигурой женщины, символизирующей навигацию.
Деревянная резная статуя дважды заменялась: в 1827 году алебастровой по модели скульптора Н. А. Токарева и в 1891 году - терракотовой работы Д. И. Иенсена.

Отчет о реставрации Петропавловской крепости